El 10 de abril de 1871 fue el día más aciago de la epidemia de fiebre amarilla que devastó a la Ciudad de Buenos Aires: el número de muertos alcanzó, sólo en esas 24 horas, el récord de 563. La cifra oficial de muertos fue de 13.614. La mitad eran niños.
En aquel año, los hospitales colapsaron y hubo que fundar un nuevo cementerio que se creó en la Chacarita de los Colegiales.
Los historiadores sostienen que aquella peste, también llamada vómito negro, llegó unos meses antes, en enero de 1871. Todo parece indicar que los vectores de la enfermedad llegaron en un barco procedente de Asunción del Paraguay y encontraron muchos sitios propicios para reproducirse en los innumerables charcos y pantanos de las zonas cercanas al puerto ensañándose particularmente con las barriadas populares de San Telmo y Monserrat. Todavía no se sabía que era un mosquito el transmisor de la enfermedad, el aedes aegypti, el mismo que hoy amenaza con el dengue, y se pensaba que se pasaba de persona a persona por contagio.
Esto hizo crear historias tremendas de discriminación hacia los más pobres e inmigrantes, con especial acento en los conventillos.
Mientras la furia de los ricos apuntaba a los más pobres, a los que se les quemaba ropa, utensillos y se los marginaba de la vida social, algunos mudaban sus fastuosas viviendas hacia el Norte de la ciudad o la Recoleta.
Otros en cambio, pusieron la lupa en un pequeño poblado a unos 30 kilómetros de allí que todavía no tenía nombre oficial. El territorio que hoy se conoce como Florencio Varela.
Lotes en derredor de la «Casa de Tejas» que había sido fraccionado y vendido por Juan de la Cruz Contreras fue el terreno propicio para quienes huían de la peste.
Y así el poblado comenzó a ser refugio de aquella epidemia de fiebre amarilla en Buenos Aires, al afincarse nuevas familias que escapan al generalizado mal y las que se dedican a producir, comercializar y transportar en carretas y carros ,»frutos del campo» como se les llamaba en aquel entonces; creando verdaderas riquezas agrícolas-ganaderas. El paso del ferrocarril por la zona es el otro eslabón para el crecimiento del pueblo.
Siendo cada vez más, empezaron iniciativas ante el gobierno provincial tendientes a fundar un pueblo y urbanizar la zona. El gobernador Mariano Acosta dio su visto bueno y con el impulso de una comisión vecinal dirigida por Juan de la Cruz Contreras, el 11 de febrero de 1873 se produjo la fundación del entonces pueblo de San Juan.
Inicialmente dependientes de Quilmes, los vecinos siguieron trabajando por engrandecer su pueblo y en 1880 se inaugura un templo en honor a su santo patrono, san Juan Bautista, y tras meditarlo mucho, el poder ejecutivo nacional, junto al gobierno provincial otorga el nombre de Florencio Varela a la flamante estación de ferrocarril, en honor al destacado periodista y activista político. Y finalmente, tras varias gestiones, el 30 de enero de 1891 ve la luz el partido de Florencio Varela, bajo imperio de la ley provincial 2397, la cual también impuso el nombre de la estación a la flamante cabecera de partido.
En 1871, el presidente Domingo Sarmiento y su vice Alsina abandonaban la ciudad y a sus habitantes a la buena de Dios, mientras “La Prensa” decía: “Hay ciertos rasgos de cobardía que dan la medida de lo que es un magistrado y de lo que podrá dar de sí en adelante, en el alto ejercicio que le confiaron los pueblos”.
La ciudadanía se movilizó a la Plaza de la Victoria (hoy Plaza de Mayo) y allí unas 8.000 personas decidieron conformar una Comisión Popular presidida por el Dr. Roque Pérez, que con notable decisión y con acciones de notable heroísmo en medio de las cuales falleció, entre otros, el Dr. Francisco Javier Muñiz, trató de llenar el vacío dejado por el gobierno ausente y ocuparse de la situación de emergencia.
Mientras el actual territorio de Florencio Varela comenzaba a surgir, en Buenos Aires, pasada aquella epidemia, se debatía proyectos para emprender la tareas tendientes a que los habitantes tuvieran agua potable y cloacas. Pero en cuanto comenzaron a quedar atrás los ecos de la Fiebre amarilla, los proyectos se fueron cajoneados y sólo se encararon los que correspondían al Barrio Norte y Recoleta, donde moraban ahora los poderosos de Buenos Aires que habían abandonado tras la epidemia sus casonas de San Telmo y Monserrat para convertirlas en rentables e insalubres conventillos.
